Кафедра естественнонаучных дисциплин ИПНК была основана 15 октября 2007 г. приказом ректора № 53 от 12.10.2007 г. на основании решения Ученого Совета Института как выпускающая кафедра по естественнонаучным дисциплинам в связи с открытием в 2007 году магистерской подготовки (магистратуры). Первым заведующим кафедрой (на общественных началах) был ректор ИПНК – кандидат физико-математических наук, доцент Владимир Валентинович Шкурко.
В 2018 г. кафедра была объединена с кафедрой информационных технологий и получила название кафедры естественнонаучных дисциплин и информационных технологий (приказ ректора № 217 от 06.11.2018 г.). Возглавил кафедру доктор биологических наук, профессор Сергей Евгеньевич Дромашко, который руководил кафедрой на протяжении последующих 4 лет.
В августе 2023 году кафедра была вновь преобразована в кафедру естественнонаучных дисциплин. Заведующим был избран Шкурко В.В., который возглавляет кафедру и в настоящее время.
К проведению занятий по дисциплинам профессиональной подготовки привлекаются ведущие специалисты из научно-исследовательских институтов НАН Беларуси. В соответствии с направленностью подготовки магистров в дальнейшем для занятия научной деятельностью, такой подход максимально эффективно обеспечивает для студентов подачу знаний и информации о самых новейших и перспективных научных исследованиях, разработках и достижениях отечественной науки.
Научно-исследовательская работа студентов ведется на базе Университета, а также в институтах НАН Беларуси отделений физики, математики и информатики, физико-технических наук, химии и наук о Земле и других, с которыми заключены договоры о сотрудничестве в области кадрового обеспечения научной и образовательной деятельности. Руководство научно-исследовательской работой и магистерскими диссертациями осуществляют ведущие специалисты НАН Беларуси.
Одним из важнейших направлений учебной работы кафедры является подготовка магистрантов Университета (всех специальностей), а также соискателей научных организаций НАН Беларуси к сдаче кандидатского дифференцированного зачета по общеобразовательной дисциплине “Основы информационных технологий”.